1993年9月淮阴工业专科学校开始招收计算机应用与维护专业专科生,1999年与南京理工大学联合招收计算机科学与技术专业本科生。2000年自主招收首批计算机科学与技术专业本科生,同年还招收了办公自动化专业专科生。2001年开始招收计算机科学与技术专业通信工程方向本科生,2002年正式招收通信工程专业本科生。2004年开始招收计算机科学与技术专业信息安全方向本科生。
经省教育厅批准,2006年增设计算机科学与技术专业软件工程、网络工程两个专业方向。2006年开始与新加坡Genetic计算机学院、澳大利亚新格兰大学等国外高校联合培养计算机科学与技术专业本科生。
计算机科学与技术专业是学校重点建设的主干专业,是学校五个特色专业建设点之一。
《计算机组成原理》2001和2003年两次被评为校级II类优秀课程;《接口与通信》2003年被评为良好课程;《计算机基础》2001年被评为校级II类优秀课程;《信号与系统》2005年被遴选为校精品课程建设项目(全校共四门);《基于WEB的信号与系统CAI课件》2004年获校CAI课件大赛一等奖(唯一),江苏省CAI好课件奖。